在神圣罗马帝国，巴洛克时期则开始稍晚。虽然奥格斯堡的建筑师埃利亚斯·霍尔（Elias Holl，1573—1646）以及其他一些理论专家，如老约翰·符滕巴赫（Joseph Furttenbach the Elder），老早就开始运用巴洛克风格，但三十年战争的蹂躏使得他们并没有留下继承人。从大约1650年开始，建筑业重新恢复，世俗与教会的建筑开始占据同样的重要性。最初，瑞士南部和意大利北部的石匠大师（master-masons），即magistri Grigioni和隆巴德石匠大师（Lombard master-masons），特别是Val d'Intelvi的卡隆家族（Carlone family），在这个领域中占主导地位。但是奥地利很快后来居上，在17世纪发展出自己独特的巴洛克风格。约翰·伯纳德·费舍·冯·埃拉赫（Johann Bernhard Fischer von Erlach）对贝尔尼尼印象深刻。通过研究历史以及编制建筑装饰图集，他创立了一种帝国风格（imperial style）。这很明显地体现在在他建造的维也纳圣嘉禄·鲍荣茂堂（St. Charles Borromeo）中。约翰·卢卡斯·冯·希尔德布兰特（Johann Lucas von Hildebrandt）也接受过意式训练。他发展了一种极具装饰性的风格，特别是在立面建筑领域。这对南部德国有很大的影响。
一般来说，南德的巴洛克风格与北德十分不同。北德的巴洛克更像是介于天主教和新教之间的巴洛克风格。在天主教为主的南方，慕尼黑的圣弥额尔堂是第一座越过阿尔卑斯把意大利风格带来的教堂。但是，它对教堂建筑的发展却相对不大。而迪林根耶稣会教堂（the Jesuit church in Dillingen）则为教堂建筑提供了一种更实用和适应性较强的范例：墙壁柱教堂，桶拱形中殿以及被墙壁柱分隔的大型开放式礼拜堂。与慕尼黑的圣弥额尔堂相反，这些礼拜堂高得几乎要达到墙壁柱教堂的中殿顶部，并且它们的拱顶（通常是横向桶拱顶）末端与中殿主拱顶端末位于同一水平高度。礼拜堂内有充足的光线，从教堂入口看来，墙壁柱为一旁的祭坛提供了一种戏剧化的舞台布置。福拉尔贝格派（Vorarlberg）和巴伐利亚石匠大师（master-masons of Bavaria）进一步发展了墙壁柱教堂。这种新教堂样式同时能够与晚期哥特时代德国的教堂样式和谐共存。18世纪依然沿用墙壁柱教堂，（甚至是新古典主义的教堂Rot an der Rot Abbey也有沿用），并且早期的墙壁柱教堂可以轻易地被整修成这样，并不需要改变结构。这样的例子就包括迪林根教堂（church at Dillingen）。
不过天主教堂也常受到其他源头的影响。其例之一便是被称为波西米亚的激进巴洛克。克里斯托弗·丁岑霍费尔（Christoph Dientzenhofer）和其子Kilian Ignaz居于布拉格，其激进巴洛克受到北意大利的范例的启发，尤其是瓜里诺·瓜里尼的作品。它的特点是具有弯曲墙面和交叉的椭圆形空间。虽然波西米亚风的影响在这一时期巴伐利亚最著名的建筑中都有体现，约翰•伯纳德•费舍（Johann Michael Fischer）的一些早期墙壁柱教堂里曲线的阳台与巴尔塔萨·诺伊曼（Balthasar Neumann）的作品，特别是十四救难圣人圣殿（Basilica of the Vierzehnheiligen），基本上都被认为是波西米亚和德国传统最终结合的产物。
巴洛克风格对新教建筑的影响较小，只有极少数几个重要作品，特别是德累斯顿的圣母教堂。相比南德，建筑理论在北德更具有活力。比如有莱昂哈德·克里斯托夫·斯特姆（Leonhard Christoph Sturm）对尼古拉斯·戈德曼（Nikolaus Goldmann）的理论。但斯特姆的理论考量（比如：新教的教堂建筑）却从未付诸实际。在南部，理论最终被简化成了从绘本和雕刻中学习对建筑和元素原型的使用。
宫殿建筑在天主教的南方和新教的北方同样占据重要地位。在意式风格占主导的时期过去后，从18世纪起，法式影响在第二时期占据了主流。法式模型的特点是，围绕着一个庭院（cour d'honneur）的马靴式布局，而意大利（也是奥地利）的式样则呈现出一个方块状的庄园别墅。德国宫殿建筑的主要成就，通常是由几个建筑师紧密合作完成的。因此也体现出奥地利-意大利式与法式模型的复合。其中维尔茨堡官邸将奥地利-意大利式与法式模型完美结合并创造出了一种新型的建筑风格。它的整体布局是法式马靴式的，包围了内部的庭院。它的外墙则体现出约翰·卢卡斯·冯·希尔德布兰特对法式古典装饰设计对楼层双层叠加的喜爱；它的内部装饰则具有奥地利“帝国楼梯”样式的特点，但同样也有法式房间在花园旁边纵射的特点。这是受到了法国城堡的半双公寓（"apartement semi-double"）的启发。
布拉格小城圣尼各老堂，典型的波希米亚巴洛克风格